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沼寒藓叶绿体基因组结构特征及其与近缘物种比较
黄定旭, 马怀富, 梁 盛, 何琴琴, 张廷跃, 孔令雄, 刘邦友, 康凯莉, 彭 涛
2025, 54(2):
121-131.
DOI: 10.3969/j.issn.1009-7791.2025.02.002
沼寒藓Paludella squarrosa主要分布于湿地环境,是湿地生态系统中重要的苔藓植物之一,在湿地生态学和植物进化学研究中具有独特的地位。采用Illumina二代测序技术对沼寒藓的叶绿体基因组进行组装与注释,并对其基本特征进行分析。结果表明,沼寒藓叶绿体基因组大小为124 879 bp,包含大单拷贝区(LSC,86 458 bp)、小单拷贝区(SSC,18 529 bp)及两个反向重复序列(IRa和IRb,均为9 946 bp),基因组GC含量为28.9%。该基因组共包含122个基因,其中77个为编码蛋白质基因,8个为编码rRNA基因,37个为编码tRNA基因。序列分析发现四种散在重复序列共49个,其中以回文重复序列为主;并鉴定出17种类型的SSR,其中以单核苷酸(A/T)重复为主。同时,选取GenBank中壶藓目Splachnales物种进行比较基因组学分析,发现沼寒藓与Tayloria sp.在基因组大小、基因含量和序列上高度相似。基于rps4和trnL-F基因的系统发育分析表明,沼寒藓与Amblyodon dealbatus的亲缘关系较近。作为寒藓科Meesiaceae的代表性物种,沼寒藓的叶绿体基因组研究为深入理解寒藓科植物的进化历史、基因组特征以及生态适应机制提供新的视角。
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